Действие игры происходит в
альтернативной реальности,
где 12 апреля 2008 года в 14.33
произошёл второй взрыв на
территории печально
известной
Чернобыльской
атомной электростанции. Этот взрыв ознаменовал
появление так называемой
«Зоны», места, внутри
которого появляются
разнообразные аномальные
явления, например, разнонаправленные
гравитационные потоки
силой более 100g. Сама
история второго взрыва на
бывшей ЧАЭС окутана
мраком, и, желая
расследовать эту ситуацию,
правительство Украины
посылает в Чернобыль
войска. Однако их действия
на территории зоны
заканчиваются провалом.
В связи с провалом
экспериментов, территория
зоны была ограждена,
построены блокпосты на
главных точках подхода в
Зону. Зона стала крайне
охраняемым объектом.
Спустя некоторое время, с
территории Зоны начинает
приходить информация о
мутировавших животных, о
продуктах аномалий — так
называемых
артефактах
(«хабаре»), которые в
прошлом являлись какими-
либо привычными
предметами. Попадая в
аномалию, предметы
приобретают уникальные
свойства, например, если
человек или животное
попадают в аномалию
«Карусель», из их тел могут получиться артефакты
«Кровь Камня», «Ломоть Мяса» или
«Душа» (поднимают у людей
уровень регенерации клеток).
Многие сорвиголовы, желая
быстро заработать, начали
проникать на территорию
«
Зоны», дабы добыть ценный
артефакт и продать его
учёным.
Спустя год на территории
Зоны появились люди, на
руках которых были
татуировки в виде аббревиатуры «S.T.A.L.K.E.R.».
Такую татуировку наносили в
группе О
-Сознание тем, кого
они использовали в качестве
своих невольных агентов. Как
правило, это были люди,
выполнявшие какое-либо
задание для О-Сознания,
внедренное им в
подсознание. Данная группа
породила среди человеческих
обитателей Зоны легенду об
«Исполнителе Желаний».
Группа верила в
коллективное сознание и
работала над способом
общения с
ноосферой —
информационной оболочкой
Земли.

Итак, на улице 2012 год. Главный герой
— чудом уцелевший сталкер
из
«грузовика
смерти» (используются для
вывоза из центра Зоны тел
погибших сталкеров и
доставки, под таким
прикрытием, агентов О-
Сознания внутрь Зоны; такой
грузовик обладает
радиационным фоном, во
много раз превышающим
нормальные условия
жизнедеятельности человека
). Память главного героя
стерта, а единственная
зацепка — запись в КПК:
«Убить Стрелка». Один из
сталкеров находит главного
героя и приносит его —первого найденого живым
человека из Грузовика
смерти к торговцу
Сидоровичу. Тот вылечивает
героя и, не намереваясь по
собственным словам «играть
в благородство» заставляет
работать на себя. Так как сталкер потерял память, Сидорович называет его Меченый- из-за татуировки на руке. За
спасение и дальнейшую
помощь в поисках Стрелка
торговец требует платы, и
после пары мелких заданий
раскрывает свои планы: он и
другие торговцы мечтают
открыть путь к залежам
артефактов в центре Зоны.
Сидорович явно знает о
намерениях военных, его
разведчики докладывают о
документах в НИИ
«Агропром». Также он знает,
что Стрелок бывал в центре, и
его поиски могут открыть его
секрет. Меченый по
просьбе торговца добывает
документы, в которых
говорится о лаборатории X18.
Бармен, хозяин бара «100 Рентген» и крупный торговец,
предполагает, что она
находится в Темной долине.
Сталкеры давно
рассказывали о неких
подземных сооружениях на
заброшенном заводе и о
творящихся там ужасах.
Меченый проникает в
лабораторию и из
документов узнаёт, что
Выжигатель — устройство,
созданное людьми. Из тех же
документов становится
известно про лабораторию
X-16
в районе озера Янтарь, в
которой находится установка,
напоминающая по свойствам
Выжигатель. Меченый
отправляется к учёным, 
расположившимся в
мобильной лаборатории на
месте высохшего озера. От
них он узнаёт о гибели
Призрака в лаборатории
X-16,
а также получает
экспериментальную защиту
от пси-излучения. С её
помощью он смог
проникнуть в Х-16 и
отключить
экспериментальный
излучатель в ней. Затем,
отнеся добытые в Х-16
документы Бармену,
получает от него задание
отключить Выжигатель. С
боями прорвавшись сквозь
ряды охраняющих его
монолитовцев в бункер под
антеннами Выжигателя, Меченый смог отключить их.
Проход к центру Зоны
оказался открыт.
Моментально множество
сталкеров двинулось к ЧАЭС,
Долг и Свобода начали новое
противостояние за новые
территории. Однако, всем им,
по мере продвижения,
пришлось преодолевать
сопротивление бойцов
Монолита. На бывшие
закрытые территории
высадился военный десант.
Уже вскоре фанатики были
оттеснены к
Припяти. Группы
сталкеров-ветеранов и
военные сталкеры,
независимо друг от друга
начинают штурм города.
Вооружённые силы
приступают к операции
«Монолит», бронетехника при 
поддержке с воздуха должна
была закрепиться у блоков
электростанции
. Кроме
отрядов Монолита, военные
столкнулись с чрезвычайно
мощными аномалиями
, а в
ходе решающей стадии
операции начался выброс
, в
результате операция терпит
неудачу. В то же время Меченый сумел
проникнуть под саркофаг
станции, где находился
иллюзорный Исполнитель
желаний — Монолит. Сталкер
вызывает сбой в работе
установки, чем привлекает
внимание О-Сознания.  Один из
его представителей, в виде
голограммы, разговаривает
со сталкером, рассказывает о
причинах возникновения
Зоны, предлагает
присоединиться к ним. Из разговора становится ясно, что Меченый это и есть Стрелок, который по ошибке получил задание убить самого себя.
Стрелок отказывается и после
продолжительного боя с
монолитовцами уничтожает
проект О-Сознание.